mootools 1.2.xでのお話。
ハマったのでメモ。

new Request.HTML({
 url: request url,
 evalScripts: false, //evalResponseをfalseに
 evalResponse: false, //evalResponseも
 onSuccess: function(responseTree, responseElements, responseHTML, responseJavaScript){
  $('responseHTML').set('value', responseHTML);
  $('responseJavaScript').set('value', responseJavaScript);
  eval(responseJavaScript); //evalしましょう
 }
}).send();

あと、読み込むページのjavascriptの記述にコメントアウト

<!-- aaa //-->

のようなものがあるとIEでエラーが出ます。