まず、mt/search_templates/にいってみます。そこにはたぶん、 comments.tmpl と default.tmpl というファイルがあります。ここで問題。
もしも、MovableTypeで複数のブログを作っていないなら default.tmpl をテキストエディタでいじればいいんですが、そうでない場合は、新しくテンプレートを作る事になります。各ブログごとに検索テンプレートが欲しいじゃないですか？例えば、バージョンごとにとかにねぇ。

ま、とりあえず作るとして基本的にはデフォルトをちょっと変更するだけにします。私の場合は、モジュール化しておりますので、そやつらのタグを入れるだけです。ファイル名は xxx.tmpl とします(xxx は何でも良いです)。

んで、mt/search_templates/に xxx.tmpl をアップします。

さらに、mt/にあるmt-config.cgiをいじります。
400行目あたりに

AltTemplate comments comments.tmpl
# AltTemplate work work.tmpl
# AltTemplate play play.tmpl

みたいなのがあると思われます。こやつを

AltTemplate comments comments.tmpl
AltTemplate xxx xxx.tmpl
# AltTemplate play play.tmpl

ってな具合にします。別に書き換えなくても書き足しゃいいんですけどね。

次に、検索フォームに追加するものがあります。

<input type="hidden" name="Template" value="xxx" />
<input id="IncludeBlogs" name="IncludeBlogs" type="hidden" value="<$MTBlogID$>" />

上は『どのテンプレート使いますのん』で下は『どのブログ探り入れますのん』ってやつです。
これを formタグの間に挟んでやります。
もしも、tmplファイルの中にも検索フォームをつけているなら、そこにも入れます。入れていないといきなり前バージョンを検索しにいったり、デフォルトの検索テンプレートに飛びつきやがります。

こんな感じですかね。