Movabletypeは確かにプログラマーじゃなくてもプログラム的に扱える優れたツールであると思います。
でも、ローカルからサイトにアップするときには何かと問題があります。

復元機能もあるんですが、サーバーのスペックでは途中で停止することがあります。
そんなときどうしようか、ってことです。

データベースがsqliteの場合はfirefoxのアドオンのSQLite Managerでデータベースをいじりましょう。

Execute SQLタブのEnter SQLのフィールドにSQL文を入れまっしょい。

UPDATE mt_entry SET entry_text = REPLACE(entry_text,'ローカルURL','サーバーURL')

まずは各エントリーのアイテムのURLを変更。んで同様にmt_assetのasset_file_pathとasset_urlも変更。
んでローカル丸ごとアップして再構築。でどうでしょうか？